Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di Universitas Ahmad Dahlan (UAD) dikelola oleh Badan Penjaminan Mutu (BPM). Dalam melaksanakan pemantauan dan evaluasi mutu di tingkat fakultas, BPM bekerja sama dengan Pengendali Sistem Mutu Fakultas (PSMF), sementara di tingkat program studi (prodi), BPM berkoordinasi dengan Pengendali Sistem Mutu Prodi (PSMP). BPM memiliki tanggung jawab penuh atas pelaksanaan SPMI di UAD, termasuk penyusunan dokumen SPMI hingga pelaksanaan Audit Mutu Internal (AMI).

Audit yang dilakukan BPM mengikuti jadwal yang telah ditentukan. Manajemen pelaksanaan SPMI bertujuan untuk meningkatkan mutu secara berkelanjutan melalui penerapan setiap standar mutu dengan mengikuti siklus Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan (PPEPP). Dalam proses evaluasi mutu, dilakukan pengukuran melalui pengisian kuesioner kepuasan terhadap berbagai standar mutu. Hasil pengisian kuesioner ini dievaluasi dan digunakan sebagai dasar rekomendasi untuk memenuhi standar mutu yang ditetapkan. Pengukuran kepuasan ini dilakukan oleh Ketua Program Studi Matematika secara berkala, yaitu setiap tiga bulan atau setiap semester.